bundle exec rake和bundle exec rackup都是由bundle命令进行管理的，但它们的作用是不同的。

bundle exec rake是运行rake任务的命令，而bundle exec rackup是运行Rack应用的命令。

以一个简单的Rack应用为例，解释rackup的执行流程：

config.ru文件（这是Rack应用的配置文件）：

require './my_app'
run MyApp.new

my_app.rb文件（这是Rack应用的实现文件）：

class MyApp
  def call(env)
    [200, {"Content-Type" => "text/plain"}, ["Hello, world!"]]
  end
end

执行命令bundle exec rackup即可启动应用：

$ bundle exec rackup

rackup的执行流程从config.ru文件开始，它加载了my_app.rb文件并执行了其中的代码。当Rack应用接收到请求时，它会调用MyApp类中的call方法来处理请求并返回响应。

因此，bundle exec rake和bundle exec rackup的作用不同，前者用于运行rake任务，后者用于启动Rack应用。而rackup的执行流程从加载config.ru文件开始，最终执行MyApp类中的call方法来处理请求并返回响应。