要解决这个问题，您可以在项目主目录中创建一个子目录来存放您的Gemfile和Gemfile.lock文件。然后，在该子目录中运行bundle init命令来生成一个新的Gemfile。

以下是一个示例解决方法：

1. 在项目主目录中创建一个名为gems的子目录：

$ mkdir gems

2. 进入gems子目录：

$ cd gems

3. 在gems子目录中运行bundle init命令来生成一个新的Gemfile：

$ bundle init

4. 编辑生成的Gemfile，添加您需要的gem依赖关系：

# frozen_string_literal: true

source "https://rubygems.org"

gem "your_gem_name"

5. 在gems子目录中运行bundle install命令来安装gem依赖项：

$ bundle install

现在，您可以在项目的子目录中使用bundle exec命令来运行与项目相关的命令，例如bundle exec ruby your_script.rb。这将确保在运行命令时使用项目的gem依赖项。

请注意，这只是一种解决方法，可以将gem文件与项目主目录分开。根据您的项目需求，您还可以使用其他包管理工具或命名约定来解决这个问题。