要部署一个JAR文件到VPS服务器（Ubuntu Server 16.04），可以按照以下步骤进行操作：

1. 登录到VPS服务器：使用SSH连接工具登录到VPS服务器。

2. 上传JAR文件：将JAR文件上传到服务器。可以使用scp命令，例如：

scp /本地路径/你的文件.jar 用户名@服务器IP地址:/服务器路径

替换"/本地路径/你的文件.jar"为本地JAR文件的路径，"用户名"为你的服务器用户名，"服务器IP地址"为VPS服务器的IP地址，"服务器路径"为你想要将JAR文件存储的服务器路径。

3. 连接到服务器：使用ssh命令连接到VPS服务器，例如：

ssh 用户名@服务器IP地址

替换"用户名"为你的服务器用户名，"服务器IP地址"为VPS服务器的IP地址。

4. 创建一个目录：在服务器上创建一个目录用于存储JAR文件，例如：

mkdir /服务器路径

替换"/服务器路径"为你想要将JAR文件存储的服务器路径。

5. 移动JAR文件：将上传的JAR文件移动到创建的目录中，例如：

mv /上传路径/你的文件.jar /服务器路径

替换"/上传路径/你的文件.jar"为上传的JAR文件的路径，"/服务器路径"为你想要将JAR文件存储的服务器路径。

6. 启动JAR文件：使用java命令启动JAR文件，例如：

java -jar /服务器路径/你的文件.jar

替换"/服务器路径/你的文件.jar"为JAR文件在服务器上的路径。

以上步骤完成后，你的JAR文件将被成功部署到VPS服务器上，并可以通过启动命令来运行。