要解决Apache Beam在一段时间后停止处理PubSub消息的问题，可以使用一个定时器来监控Beam管道的活动，并在一段时间内没有收到新消息时停止管道的处理。

以下是一个使用定时器的示例代码：

import time
import apache_beam as beam
from apache_beam.options.pipeline_options import PipelineOptions

class PubSubMessageHandler(beam.DoFn):
    def process(self, element):
        # 处理PubSub消息
        pass

class MonitorPipelineActivity(beam.DoFn):
    def __init__(self, timeout):
        self.timeout = timeout
        self.last_message_time = time.time()

    def process(self, element, window=beam.DoFn.WindowParam):
        self.last_message_time = time.time()

    def finish_bundle(self):
        if time.time() - self.last_message_time > self.timeout:
            # 停止处理管道
            raise Exception("Pipeline stopped due to inactivity")

def run_pipeline(timeout):
    options = PipelineOptions()
    p = beam.Pipeline(options=options)

    (p | "Read PubSub messages" >> beam.io.ReadFromPubSub()
       | "Process messages" >> beam.ParDo(PubSubMessageHandler())
       | "Monitor pipeline activity" >> beam.ParDo(MonitorPipelineActivity(timeout)))

    result = p.run()
    result.wait_until_finish()

if __name__ == "__main__":
    # 设置超时时间，例如10分钟
    timeout = 10 * 60
    run_pipeline(timeout)

在上面的代码中，MonitorPipelineActivity类用于监控管道的活动。它在每个消息元素上都会更新last_message_time变量，并在finish_bundle方法中检查最后一条消息之后的时间是否超过了设定的超时时间。如果超过了超时时间，就会引发一个异常来停止管道的处理。

请注意，上述代码只是一个示例，实际使用时可能需要根据具体情况进行修改和调整。