在不同版本的@angular/cli中，层次结构注入器中的Directive行为的确存在差异。在某些情况下，这可能会导致指令在应用层次结构中的某些组件上不起作用。

解决这个问题的方法是在指令上使用viewProviders属性，并将其设置为[]。这将确保指令在应用层次结构中的每个组件上都可见。

下面是一个示例，展示了在不同版本的@angular/cli中解决这个问题的方法：

在Angular 9.0.2中：

import { Directive } from '@angular/core';

@Directive({
  selector: '[appCustomDirective]',
  viewProviders: [{ provide: CustomDirective }]
})
export class CustomDirective {
  // Directive logic here
}

在Angular 8.3.14中：

import { Directive } from '@angular/core';

@Directive({
  selector: '[appCustomDirective]',
  providers: [{ provide: CustomDirective }]
})
export class CustomDirective {
  // Directive logic here
}

通过在指令上使用viewProviders或providers属性，您可以确保该指令在应用层次结构中的每个组件上都可见，无论使用的是哪个版本的@angular/cli。