当不同的ISA二进制分析结果矛盾时，可能是由于以下几个原因造成的：

1. 编译器版本不同：不同的编译器可能会对相同的源代码生成不同的二进制指令。因此，首先要确保使用相同版本的编译器进行编译。

2. 目标架构不同：不同的ISA有不同的指令集和寄存器设置。如果使用不同的目标架构编译代码，那么生成的二进制指令也会不同。因此，要确保在相同的目标架构下编译代码。

3. 编译选项不同：编译器的编译选项可能会影响生成的二进制代码。例如，优化选项可以改变代码的结构和指令序列。确保在相同的编译选项下编译代码。

如果以上方法仍然无法解决矛盾的问题，可以尝试以下方法：

1. 比对反汇编结果：将矛盾的二进制代码反汇编成汇编代码，然后比对汇编代码的差异。这样可以帮助找出不同之处，并进一步分析原因。

2. 比对目标文件：将矛盾的二进制代码转换为目标文件格式（如ELF、COFF等），然后比对目标文件的差异。这样可以更深入地分析不同之处。

3. 使用调试工具：使用调试工具（如gdb、lldb等）对矛盾的二进制代码进行调试。通过跟踪指令执行的过程，可以找出分析结果矛盾的原因。

总之，解决不同的ISA二进制分析结果矛盾的关键在于找出不同之处，并分析造成差异的原因。通过比对汇编代码、目标文件或者使用调试工具等方法，可以更好地理解和解决这种问题。