根据Dart语言的文档，使用不同的@pragma(vm:entry-point)注解不会将代码放在单独的隔离区运行。@pragma(vm:entry-point)注解用于标记代码的入口点，以便在编译时生成对应的可执行文件。不同的@pragma(vm:entry-point)注解可以用于标记不同的入口点，但所有标记了@pragma(vm:entry-point)的代码仍然在同一个隔离区运行。

以下是一个示例，展示了如何使用不同的@pragma(vm:entry-point)注解标记代码的不同入口点：

// main.dart

@pragma(vm:entry-point)
void main() {
  print('This is the main entry point.');
}

@pragma(vm:entry-point)
void secondaryEntryPoint() {
  print('This is a secondary entry point.');
}

在上述示例中，main()函数和secondaryEntryPoint()函数都被标记为入口点。当该代码被编译为可执行文件时，可以通过调用对应的入口函数来执行不同的代码块。

然而，无论是main()函数还是secondaryEntryPoint()函数，它们都在同一个隔离区运行，共享相同的内存空间和资源。所以，使用不同的@pragma(vm:entry-point)注解只是为了标记不同的入口点，而不是为它们创建单独的隔离区。