使用 Dependabot 配置文件中的 Schedule 来为不同的子模块设置不同的更新间隔。具体步骤如下：

1. 在主代码库根目录下创建一个名为 ".github/dependabot.yml" 的文件，如果已经存在该文件则跳过此步骤。
2. 在该文件中添加配置代码，示例如下：

version: 2
updates:
  - package-ecosystem: "submodules"
    directory: "/"
    schedule:
      interval: "daily"
  - package-ecosystem: "submodules"
    directory: "submodule1/"
    schedule:
      interval: "weekly"
  - package-ecosystem: "submodules"
    directory: "submodule2/"
    schedule:
      interval: "monthly"

3. 解释配置代码：该配置文件指定了三个子模块的更新间隔，其作用域被限定在了 "/","submodule1/" 和 "submodule2/" 目录下，其中 "/" 代表主代码库根目录。
4. 上述代码中，"interval" 可以设置为"hourly","daily","weekly","monthly" 或 "annually"，分别对应每小时、每日、每周、每月和每年更新依赖包的时间间隔。

在以上配置完成后，当 Dependabot 运行时，会根据配置文件中设置的时间间隔分别更新子模块的依赖包。