不同来源运行REST端点导致处理时间差异的原因可能有以下几个：

1. 网络延迟：不同来源的请求可能通过不同的网络路径传输，网络延迟会导致请求达到服务器的时间不同，从而导致处理时间差异。

2. 服务器负载：不同来源的请求可能同时发送到服务器，如果服务器负载较高，处理时间就会增加，从而导致不同来源的请求的处理时间差异。

3. 数据量差异：不同来源的请求可能携带的数据量不同，处理时间与请求携带的数据量成正比。

解决方法可以通过以下代码示例来实现：

import org.springframework.web.bind.annotation.GetMapping;
import org.springframework.web.bind.annotation.RequestMapping;
import org.springframework.web.bind.annotation.RestController;

@RestController
@RequestMapping("/api")
public class MyController {

    @GetMapping("/myEndpoint")
    public String myEndpoint() {
        // 模拟处理时间差异
        try {
            // 随机等待时间，模拟不同请求的处理时间差异
            long randomWaitTime = (long) (Math.random() * 1000);
            Thread.sleep(randomWaitTime);
        } catch (InterruptedException e) {
            e.printStackTrace();
        }

        return "Response from myEndpoint";
    }
}

在上述示例代码中，使用Thread.sleep方法模拟不同请求的处理时间差异。在实际场景中，可以根据具体需求，结合自身业务逻辑，使用合适的方式模拟处理时间差异，例如处理大量数据、调用外部服务等。