在不同线程中，java.io.File.isFile()可以返回不同的值的原因可能是由于并发访问文件的操作导致的。解决这个问题的一种方法是使用同步机制来确保文件访问的互斥性。

以下是一个使用同步机制解决此问题的示例代码：

import java.io.File;

public class FileIsFileExample {
    private static final Object lock = new Object();
    private static boolean isFile;

    public static void main(String[] args) {
        File file = new File("path/to/file.txt");

        Thread thread1 = new Thread(new Runnable() {
            @Override
            public void run() {
                synchronized (lock) {
                    isFile = file.isFile();
                    System.out.println("Thread 1 - isFile: " + isFile);
                }
            }
        });

        Thread thread2 = new Thread(new Runnable() {
            @Override
            public void run() {
                synchronized (lock) {
                    isFile = file.isFile();
                    System.out.println("Thread 2 - isFile: " + isFile);
                }
            }
        });

        thread1.start();
        thread2.start();
    }
}

在上面的示例中，我们使用一个共享的锁对象lock来保护对isFile变量的读写操作。在每个线程中，我们都使用synchronized关键字来获取lock对象的锁。这确保了同一时间只有一个线程能够访问isFile变量。

请注意，这个示例只是演示了如何使用同步机制来解决此类问题，实际应用中可能还需要考虑其他因素，如线程安全性和性能问题。