这个错误提示表示bwa生成的sam文件损坏，其中包含了映射的查询坐标为零的记录，而这些记录被视为未映射的。以下是一种可能的解决方法：

1. 首先，使用samtools命令对sam文件进行验证，看是否存在问题。可以执行以下命令：

   samtools view -S -b your_file.sam > your_file.bam
   samtools flagstat your_file.bam
   

   如果sam文件有问题，可能会显示错误信息。如果没有问题，则继续下一步。

2. 如果sam文件中确实存在查询坐标为零的记录，可以使用samtools过滤掉这些记录。执行以下命令：

   samtools view -S -F 4 your_file.sam > your_filtered_file.sam
   

   这将只保留映射成功的记录，并将结果保存到一个新的sam文件中。

3. 如果你需要将sam文件转换为bam文件，可以执行以下命令：

   samtools view -S -b your_filtered_file.sam > your_filtered_file.bam
   

   这将生成一个过滤后的bam文件，其中只包含映射成功的记录。

4. 最后，你可以使用samtools对生成的bam文件进行排序和索引，以便后续的分析。执行以下命令：

   samtools sort your_filtered_file.bam -o your_sorted_file.bam
   samtools index your_sorted_file.bam
   

   这将生成一个排序后的bam文件和相应的索引文件。

希望这些解决方法能够帮助你解决问题！