解决这个问题的方法是通过将外部图像文件打包进可执行的fatJar文件，以便Apache FOP能够正确地找到它们。下面是一个示例代码，展示如何在Java中使用Apache FOP生成PDF文档，并将外部图像文件打包进fatJar中。

import org.apache.fop.apps.*;

import javax.xml.transform.*;
import javax.xml.transform.sax.SAXResult;
import javax.xml.transform.stream.StreamSource;
import java.io.*;

public class FopExample {

    public static void main(String[] args) {

        try {
            // 1. 设置外部图像文件的基本路径
            String imagePath = "images/"; // 假设图像文件存放在与fatJar文件相同的目录下的images文件夹中

            // 2. 创建FopFactory对象
            FopFactory fopFactory = FopFactory.newInstance(new File(".").toURI());

            // 3. 创建一个TransformerFactory对象
            TransformerFactory transformerFactory = TransformerFactory.newInstance();

            // 4. 创建一个XSLT文件的StreamSource对象
            StreamSource xsltFile = new StreamSource(new File("template.xsl"));

            // 5. 创建一个FO文件的StreamSource对象
            StreamSource foFile = new StreamSource(new File("input.fo"));

            // 6. 创建一个OutputStream对象，用于输出生成的PDF文件
            OutputStream out = new BufferedOutputStream(new FileOutputStream("output.pdf"));

            // 7. 创建一个Fop对象
            Fop fop = fopFactory.newFop(MimeConstants.MIME_PDF, out);

            // 8. 创建一个Transformer对象
            Transformer transformer = transformerFactory.newTransformer(xsltFile);

            // 9. 设置外部图像文件的基本路径
            transformer.setParameter("basePath", imagePath);

            // 10. 将FO文件转换为PDF并输出到指定的OutputStream
            Result res = new SAXResult(fop.getDefaultHandler());
            transformer.transform(foFile, res);

            // 11. 关闭输出流和Fop对象
            out.close();
            fop.close();

            System.out.println("PDF文件生成成功！");

        } catch (Exception e) {
            e.printStackTrace();
        }
    }
}

在上述代码中，我们假设外部图像文件存放在与fatJar文件相同的目录下的"images"文件夹中。然后，将图像文件的基本路径作为参数传递给Transformer对象，并在XSLT模板中使用该参数来引用外部图像文件。这样，当生成PDF时，Apache FOP将能够正确地找到并嵌入外部图像文件。

请注意，您需要将代码中的"template.xsl"和"input.fo"分别替换为您自己的XSLT模板文件和FO文件。另外，确保将外部图像文件放置在正确的路径下，并将其与fatJar文件一起分发。