要解决无法读取PDF中的所有网页链接的问题，可以使用Apache PDFBox库的链接提取功能。下面是一个使用Java代码示例：

import org.apache.pdfbox.pdmodel.PDDocument;
import org.apache.pdfbox.pdmodel.common.PDPageLabels;
import org.apache.pdfbox.pdmodel.common.PDPageLabelRange;
import org.apache.pdfbox.pdmodel.interactive.documentnavigation.outline.PDOutlineItem;
import org.apache.pdfbox.pdmodel.interactive.documentnavigation.outline.PDOutlineNode;
import org.apache.pdfbox.pdmodel.interactive.pagenavigation.PDThreadBead;
import org.apache.pdfbox.pdmodel.interactive.pagenavigation.PDTransition;
import org.apache.pdfbox.text.PDFTextStripper;
import org.apache.pdfbox.text.PDFTextStripperByArea;
import org.apache.pdfbox.text.TextPosition;
import org.apache.pdfbox.util.Matrix;
import org.apache.pdfbox.util.Vector;
import org.apache.pdfbox.pdmodel.*;

import java.awt.geom.Rectangle2D;
import java.io.IOException;
import java.util.ArrayList;
import java.util.List;

public class PDFLinkExtractor extends PDFTextStripper {

    public PDFLinkExtractor() throws IOException {
        super();
    }

    public static void main(String[] args) {
        try {
            PDDocument document = PDDocument.load(new File("input.pdf"));

            PDFLinkExtractor linkExtractor = new PDFLinkExtractor();
            linkExtractor.setSortByPosition(true);
            linkExtractor.setStartPage(0);
            linkExtractor.setEndPage(document.getNumberOfPages());

            for (int i = 0; i < document.getNumberOfPages(); i++) {
                PDPage page = document.getPage(i);
                linkExtractor.processPage(page);
            }

            document.close();
        } catch (IOException e) {
            e.printStackTrace();
        }
    }

    @Override
    protected void processTextPosition(TextPosition text) {
        String textContent = text.getUnicode();

        // Extract URL from text content, you can use regex or other methods
        if (textContent.startsWith("http://") || textContent.startsWith("https://")) {
            System.out.println("URL: " + textContent);
        }
    }
}

上面的示例代码使用了Apache PDFBox库的PDFTextStripper类和PDPage类来提取PDF中的文本内容。通过重写processTextPosition方法，我们可以在文本内容中检查是否存在网页链接。如果找到了以http://或https://开头的文本，我们可以将其视为一个链接并进行处理。您可以根据自己的需求修改代码以适应更复杂的链接提取逻辑。

请注意，此示例仅提取文本中以http://或https://开头的链接。如果您的PDF中的链接不是以这种方式表示，您可能需要使用更复杂的方法来提取链接。