要解决"Apache POI自定义数据格式已被修改"的问题，可以参考以下代码示例：

import org.apache.poi.ss.usermodel.*;
import org.apache.poi.ss.util.CellUtil;

import java.io.FileOutputStream;
import java.io.IOException;

public class ApachePOICustomDataFormatExample {

    public static void main(String[] args) {
        Workbook workbook = new XSSFWorkbook();
        Sheet sheet = workbook.createSheet("Sheet1");

        // 创建自定义数据格式
        CellStyle customDataFormat = workbook.createCellStyle();
        customDataFormat.setDataFormat(createCustomDataFormat("0.00%"));

        // 创建单元格并应用自定义数据格式
        Row row = sheet.createRow(0);
        Cell cell = row.createCell(0);
        cell.setCellValue(0.12345);
        CellUtil.setCellStyleProperty(cell, workbook, CellUtil.DATA_FORMAT, customDataFormat.getIndex());

        try {
            FileOutputStream outputStream = new FileOutputStream("output.xlsx");
            workbook.write(outputStream);
            workbook.close();
        } catch (IOException e) {
            e.printStackTrace();
        }
    }

    private static short createCustomDataFormat(String format) {
        DataFormat dataFormat = workbook.createDataFormat();
        return dataFormat.getFormat(format);
    }
}

在上面的示例中，我们首先创建一个自定义数据格式，并将其应用于单元格。在此示例中，我们创建了一个格式为"0.00%"的自定义数据格式，然后将其应用于单元格，该单元格包含了一个小数值。最后，我们将工作簿写入到一个文件中。

这样，Apache POI就能够使用自定义的数据格式来保存单元格的值。