要进行Apache Shiro的程序化配置，可以按照以下步骤进行：

1. 添加Shiro依赖：在项目的pom.xml文件中添加Shiro的依赖项。例如：

    org.apache.shiro
    shiro-core
    1.7.1

2. 创建Shiro的配置类：创建一个类，命名为ShiroConfig（或任何你喜欢的名称），用于配置Shiro的安全策略和其他相关设置。例如：

import org.apache.shiro.SecurityUtils;
import org.apache.shiro.authc.credential.HashedCredentialsMatcher;
import org.apache.shiro.mgt.DefaultSecurityManager;
import org.apache.shiro.realm.text.IniRealm;
import org.apache.shiro.subject.Subject;
import org.apache.shiro.web.mgt.DefaultWebSecurityManager;
import org.apache.shiro.web.servlet.ShiroFilter;

import javax.servlet.Filter;

public class ShiroConfig {

    public static void main(String[] args) {
        // 创建一个安全管理器
        DefaultSecurityManager securityManager = new DefaultSecurityManager();

        // 设置Realm
        IniRealm realm = new IniRealm("classpath:shiro.ini");
        securityManager.setRealm(realm);

        // 设置密码匹配器
        HashedCredentialsMatcher credentialsMatcher = new HashedCredentialsMatcher();
        credentialsMatcher.setHashAlgorithmName("SHA-256");
        realm.setCredentialsMatcher(credentialsMatcher);

        // 将安全管理器设置到SecurityUtils中
        SecurityUtils.setSecurityManager(securityManager);

        // 获取当前主体
        Subject currentUser = SecurityUtils.getSubject();

        // 进行认证
        if (!currentUser.isAuthenticated()) {
            // 创建一个用户名/密码的身份验证令牌
            UsernamePasswordToken token = new UsernamePasswordToken("username", "password");

            // 设置“记住我”的选项
            token.setRememberMe(true);

            // 身份验证
            try {
                currentUser.login(token);
            } catch (AuthenticationException e) {
                // 认证失败
            }
        }

        // 进行授权
        if (currentUser.isAuthenticated()) {
            // 检查是否有某个角色
            if (currentUser.hasRole("admin")) {
                // 具有admin角色
            } else {
                // 没有admin角色
            }

            // 检查是否有某个权限
            if (currentUser.isPermitted("read:document")) {
                // 具有read:document权限
            } else {
                // 没有read:document权限
            }
        }
    }
}

以上代码使用基于INI文件的Realm进行简单的示例配置。你可以根据自己的需求进行更复杂的配置，例如使用数据库Realm或LDAPRealm。

注意：在实际应用中，你可能需要将配置代码放置在Web应用的入口处（例如Servlet的init()方法中），或使用Spring等框架进行配置和管理。

这是一个基本的Apache Shiro程序化配置的示例。你可以根据自己的需求进行更复杂的配置，例如添加自定义的Realm、Filter等。