要解决Apache Solr无法索引嵌套文档的自定义JSON映射的问题，可以使用Solr的BlockJoinParentQParserPlugin插件来处理嵌套文档。

以下是一个解决方案的示例代码：

1. 首先，确保你的Solr版本是4.5或更高版本，因为BlockJoinParentQParserPlugin从这个版本开始才可用。

2. 确保在solrconfig.xml文件中加载了BlockJoinParentQParserPlugin插件。在标签内添加以下内容：

3. 创建一个新的字段类型来处理嵌套文档。在schema.xml文件中添加以下内容：

4. 创建一个新的字段来存储嵌套文档的ID。在schema.xml文件中添加以下内容：

5. 在你的JSON文档中，为每个嵌套文档添加一个parent_id字段，该字段的值应该是父文档的ID。例如：

{
  "id": "1",
  "title": "Parent Document",
  "content": "This is the parent document.",
  "parent_id": "0"
},
{
  "id": "2",
  "title": "Child Document",
  "content": "This is the child document.",
  "parent_id": "1"
}

6. 现在你可以根据父文档的ID来查询嵌套文档。例如，要查询ID为1的父文档的所有子文档，可以使用以下查询语法：

{!join from=parent_id to=id}id:1

这样就可以使用BlockJoinParentQParserPlugin插件来索引和查询嵌套文档了。

请注意，以上示例仅提供了一个基本的解决方案，并可能需要根据你的实际需求进行调整。更详细的信息和示例代码可以在Solr官方文档中找到。