YES,Apache的.htaccess文件和ISAPI_Rewrite的.htaccess文件之间存在兼容性问题。ISAPI_Rewrite的配置语法和Apache略有不同,因此不能直接使用Apache的.htaccess文件。但是可以通过将Apache的.htaccess文件中的规则语法转换为ISAPI_Rewrite识别的语法,然后在ISAPI_Rewrite的.htaccess文件中使用转换后的规则来实现相同的功能。另外,ISAPI_Rewrite也提供了一些自定义标记和变量,可以用来扩展.htaccess文件的功能。