要将虚拟主机的目录别名配置到单独的配置文件中，可以按照以下步骤进行操作：

1. 创建一个新的配置文件，例如alias.conf，并将其放置在Apache配置文件夹中（通常是/etc/apache2/conf-available/）。

2. 在alias.conf文件中添加目录别名的配置，例如：

Alias /myalias "/path/to/alias/directory"

    Options Indexes FollowSymLinks
    AllowOverride None
    Require all granted

这里将别名/myalias映射到/path/to/alias/directory目录，并设置了一些选项和权限规则。

3. 在Apache配置文件夹中的apache2.conf文件中，找到并确保加载了alias.conf文件。可以使用以下指令：

Include conf-available/alias.conf

确保该行没有被注释掉。

4. 重启Apache服务器以使配置生效。可以使用以下命令：

sudo service apache2 restart

完成以上步骤后，就可以通过访问http://yourdomain.com/myalias来访问指定的目录了。

注意：根据你的操作系统和Apache版本，配置文件的位置和名称可能会有所不同。请根据实际情况进行相应调整。