- 确认使用的ape和bayestraits包版本是否与R版本兼容,并尝试更新这些软件包。
- 检查输入的树文件是否符合正确格式,如果不正确,可以使用以下代码示例来修复:
library(ape)
tree <- read.tree("my_treefile.nwk") # 读取树文件
write.tree(tree, file = "my_treefile_fixed.nwk") #重新保存树文件
- 如果问题仍然存在,可以尝试使用其他树文件格式(如nexus或newick格式),或尝试使用其他软件包进行分析。