要在App Engine Flex中指定Dot Net Runtime版本，您可以在应用程序的app.yaml文件中进行配置。以下是一个示例的app.yaml文件，其中指定了要使用的Dot Net Runtime版本为2.2：

runtime: custom
env: flex

runtime_config:
  # Specify the Dot Net runtime version
  dotnet_version: 2.2

handlers:
- url: /.*
  script: start

在上面的示例中，我们使用了"custom"运行时，并在runtime_config下指定了Dot Net版本。您可以将dotnet_version设置为您想要使用的版本号。

此外，您还需要确保应用程序的文件结构和依赖项与指定的Dot Net版本兼容。例如，如果指定了Dot Net Core 2.2，您的应用程序代码和依赖项应该是基于Dot Net Core 2.2编写的。

请注意，App Engine Flex环境目前仅支持运行自定义运行时。这意味着您需要使用支持Dot Net Runtime的自定义运行时镜像。您可以使用Google提供的预构建镜像，也可以自己构建一个镜像。

希望这可以帮助您指定Dot Net Runtime版本并在App Engine Flex中运行您的应用程序。