在App Engine Flex中使用自定义的Dockerfile构建过程中缺少项目文件的问题可以通过以下方法解决：

1. 确保Dockerfile文件位于项目的根目录中，并且包含正确的指令来复制项目文件到Docker镜像中。例如，如果你的项目文件位于一个名为src的目录中，你的Dockerfile可以包含如下的指令：

# 指定基础镜像
FROM gcr.io/google_appengine/python

# 复制项目文件到镜像中
COPY src /app

2. 检查项目文件是否被正确地复制到Docker镜像中。你可以通过构建并运行镜像来验证。使用以下命令构建镜像：

docker build -t my-app .

然后使用以下命令运行镜像：

docker run -p 8080:8080 my-app

访问http://localhost:8080来查看Web应用是否正常运行，并检查是否能够访问到项目文件。

3. 如果你使用了.dockerignore文件来排除某些文件或目录，确保项目文件没有被排除在外。

4. 如果你使用了.gitignore文件来排除某些文件或目录，确保项目文件没有被排除在外。

5. 检查项目文件的访问权限。确保Dockerfile中的复制指令可以正确地访问到项目文件。

以上是一些常见的解决方法，希望对你有所帮助。请根据你的具体情况进行调整和实施。