在AppDomain中出现重复程序集的问题通常是由于在加载程序集时出现冲突导致的。可以使用以下方法解决该问题：

1. 清理临时文件夹：在AppDomain加载程序集时，会将程序集复制到临时文件夹中。可以手动清理临时文件夹，然后重新运行应用程序。

2. 排除重复程序集：在加载程序集之前，可以使用Assembly.Load方法检查AppDomain中是否已加载该程序集。如果已加载，则可以跳过加载该程序集。

var assemblies = AppDomain.CurrentDomain.GetAssemblies();
if (assemblies.Any(a => a.FullName == "AssemblyName"))
{
    // 程序集已加载
    return;
}

// 加载程序集
Assembly.Load("AssemblyName");

3. 使用AssemblyResolve事件：当AppDomain无法解析程序集引用时，会引发AssemblyResolve事件。可以在事件处理程序中检查是否已加载重复程序集，并根据需要返回已加载的程序集。

AppDomain.CurrentDomain.AssemblyResolve += (sender, args) =>
{
    var assemblies = AppDomain.CurrentDomain.GetAssemblies();
    if (assemblies.Any(a => a.FullName == args.Name))
    {
        // 返回已加载的程序集
        return assemblies.First(a => a.FullName == args.Name);
    }
    
    // 无法解析程序集引用
    return null;
};

4. 更新引用：如果存在多个项目引用同一个程序集，并且这些项目的版本不一致，可以尝试更新引用，使所有项目引用相同版本的程序集。

5. 使用NuGet包管理器：使用NuGet包管理器可以更好地管理项目的依赖关系，并避免出现重复程序集的问题。可以使用NuGet包管理器来管理项目的所有依赖项，并确保所有依赖项的版本一致。

以上是一些常见的解决方法，可以根据具体情况选择适合的方法解决AppDomain中的重复程序集问题。