要解决AppEngine的Java应用程序忽略了app.yaml的问题，可以按照以下步骤进行：

1. 确保你的Java项目中包含了app.yaml文件。如果没有，请创建一个新的app.yaml文件，并确保它与Java项目的根目录处于同一级别。

2. 打开app.yaml文件，并确保它包含了正确的配置信息。以下是一个示例的app.yaml文件：

runtime: java11
instance_class: F2

handlers:
- url: /.*
  script: this field is required, but ignored

3. 在Java项目的根目录下，检查是否存在一个名为.gradle的隐藏文件夹。如果存在，请打开.gradle文件夹，查找并删除名为.gradleignore的文件。

4. 重新构建和部署你的Java应用程序。可以使用命令行工具（如Maven或Gradle）或集成开发环境（如IntelliJ IDEA或Eclipse）来完成此操作。

如果按照上述步骤操作后仍然无法解决问题，可以尝试以下额外的解决方法：

1. 清理并重新编译你的Java项目。可以尝试执行以下命令：

   使用Maven：mvn clean compile

   使用Gradle：gradle clean build

2. 检查你的项目配置文件是否正确。确保你的Java项目已正确配置为使用AppEngine。

3. 检查你的项目依赖项是否正确。确保你的Java项目已包含所需的AppEngine相关依赖项。

4. 如果你使用的是Google Cloud SDK，请确保已正确安装和配置。可以尝试重新安装Google Cloud SDK，并确保正确设置了项目和账号信息。

如果以上方法仍然无法解决问题，建议参考AppEngine的官方文档、讨论论坛或向Google Cloud支持团队寻求帮助。