要设置Apple Pay多商户，您需要进行以下步骤：

1. 获取Apple Pay的配置文件：您需要登录到Apple Developer网站（https://developer.apple.com/），然后导航到您的应用程序的“Certificates, Identifiers & Profiles”页面。选择您的应用程序，并获取Apple Pay的配置文件。

2. 下载和安装配置文件：将配置文件下载到您的项目中，并确保将其包含在您的项目中。

3. 导入Apple Pay框架：打开您的Xcode项目，并导入PassKit框架。您可以通过选择项目导航器中的目标，并在“General”选项卡的“Linked Frameworks and Libraries”部分中添加PassKit.framework来完成此操作。

4. 设置商户标识符：打开您的项目的Info.plist文件，并添加一个新的键值对。键是“PKMerchantIdentifier”，值是您从Apple Developer网站上获得的商户标识符。

5. 实现PKPaymentAuthorizationViewControllerDelegate方法：在您的视图控制器中，实现PKPaymentAuthorizationViewControllerDelegate协议中的以下方法：

func paymentAuthorizationViewControllerDidFinish(_ controller: PKPaymentAuthorizationViewController) {
    // 处理支付完成后的操作
    controller.dismiss(animated: true, completion: nil)
}

func paymentAuthorizationViewController(_ controller: PKPaymentAuthorizationViewController, didAuthorizePayment payment: PKPayment, completion: @escaping (PKPaymentAuthorizationResult) -> Void) {
    // 处理支付授权后的操作，并将结果传递给completion回调
    let result = PKPaymentAuthorizationResult(status: .success, errors: nil)
    completion(result)
}

6. 创建和呈现PKPaymentAuthorizationViewController：当用户选择使用Apple Pay进行付款时，您需要创建并呈现PKPaymentAuthorizationViewController。您可以在适当的地方（例如购物车页面）添加一个按钮，并在按钮的点击事件中创建和呈现PKPaymentAuthorizationViewController。

func showApplePayViewController() {
    if PKPaymentAuthorizationViewController.canMakePayments() {
        let paymentRequest = PKPaymentRequest()
        // 设置支付请求的内容，例如商户名称、总金额等

        let applePayController = PKPaymentAuthorizationViewController(paymentRequest: paymentRequest)
        applePayController.delegate = self

        present(applePayController, animated: true, completion: nil)
    } else {
        // Apple Pay不可用的处理逻辑
    }
}

请注意，上述代码示例仅涵盖了Apple Pay多商户设置的关键步骤和代码示例。根据您的具体需求，您可能需要进一步定制和调整代码。