在ARM模板中，可以使用以下方式来确保Web App插槽不会被部署的Web App设置覆盖：

1. 在ARM模板中定义Web App插槽时，使用不同的资源名称来避免冲突。可以在资源名称中添加一个唯一的后缀，例如使用生成的唯一GUID。

{
  "type": "Microsoft.Web/sites/slots",
  "name": "[concat(parameters('webAppName'), '/slots/', uniqueString(resourceGroup().id))]",
  ...
}

2. 在ARM模板中，为Web App插槽的配置使用独立的参数和变量，以避免与Web App的配置混淆。

"parameters": {
  ...
  "webAppSlotName": {
    "type": "string",
    "defaultValue": "slot1"
  },
  ...
},
"variables": {
  ...
  "slotAppSettings": {
    ...
  },
  ...
},
"resources": [
  {
    "type": "Microsoft.Web/sites/slots",
    "name": "[concat(parameters('webAppName'), '/slots/', parameters('webAppSlotName'))]",
    "apiVersion": "2021-02-01",
    "location": "[parameters('location')]",
    "properties": {
      ...
      "siteConfig": {
        "appSettings": "[variables('slotAppSettings')]",
        ...
      },
      ...
    }
  }
]

通过这种方式，Web App和Web App插槽在ARM模板中都有独立的参数和变量，可以分别设置它们的配置，避免被覆盖。

希望以上解决方法对你有帮助！