在将ASP.NET Core 2.1应用程序通过Web Deploy发布到IIS时遇到问题，可能有多种原因导致失败。以下是一些可能的解决方法，包含代码示例：

1. 确保目标服务器上已安装了正确的.NET Core运行时和ASP.NET Core Module。可以通过在命令提示符中运行以下命令来验证：

dotnet --info

2. 确保Web Deploy已正确安装在目标服务器上。可以在https://www.iis.net/downloads/microsoft/web-deploy 上下载并安装最新版本的Web Deploy。

3. 检查应用程序是否正确配置了发布文件。在项目的.csproj文件中，确保具有正确的输出目录和发布配置。以下是一个示例：

  netcoreapp2.1
  InProcess
  Exe
  bin\Release\netcoreapp2.1\publish\
  FolderProfile

4. 确保应用程序的IIS配置正确。在IIS管理器中，确保您的应用程序已正确配置为将HTTP请求转发到正确的端口和路径。还要确保应用程序池使用了正确的.NET CLR版本。

5. 检查应用程序的日志文件以获取更多详细信息。在应用程序的发布目录中查找日志文件，并检查其中的错误信息。这将有助于确定失败的具体原因。

这些是一些常见的解决方法，可以帮助您解决将ASP.NET Core 2.1应用程序通过Web Deploy发布到IIS时的问题。