在ASP.NET Core 3.1中，可以使用自定义的JsonOutputFormatter来替代控制器级别的JsonOutputFormatter。下面是一个使用自定义JsonOutputFormatter的示例代码：

1. 创建一个自定义的OutputFormatter类，继承自JsonOutputFormatter：

using Microsoft.AspNetCore.Mvc.Formatters;
using Microsoft.Net.Http.Headers;
using Newtonsoft.Json;

public class CustomJsonOutputFormatter : JsonOutputFormatter
{
    public CustomJsonOutputFormatter(JsonSerializerSettings serializerSettings, ArrayPool charPool)
        : base(serializerSettings, charPool)
    {
        SupportedMediaTypes.Clear();
        SupportedMediaTypes.Add(MediaTypeHeaderValue.Parse("application/json"));
    }

    public override bool CanWriteResult(OutputFormatterCanWriteContext context)
    {
        // 在这里可以根据需要进行一些额外的检查
        return base.CanWriteResult(context);
    }
}

2. 在Startup.cs文件的ConfigureServices方法中注册自定义的OutputFormatter：

using Microsoft.AspNetCore.Mvc;
using Microsoft.Extensions.DependencyInjection;
using Newtonsoft.Json;

public void ConfigureServices(IServiceCollection services)
{
    services.AddControllers(options =>
    {
        // 移除默认的JsonOutputFormatter
        var jsonOutputFormatter = options.OutputFormatters.OfType().FirstOrDefault();
        if (jsonOutputFormatter != null)
        {
            options.OutputFormatters.Remove(jsonOutputFormatter);
        }

        // 注册自定义的OutputFormatter
        var customJsonOutputFormatter = new CustomJsonOutputFormatter(new JsonSerializerSettings(), ArrayPool.Shared);
        options.OutputFormatters.Add(customJsonOutputFormatter);
    });
}

通过以上步骤，自定义的JsonOutputFormatter将会替代控制器级别的默认JsonOutputFormatter。

注意：在上面的代码示例中，CustomJsonOutputFormatter是一个简化的版本，你可以根据自己的需求添加任何其他的逻辑。