在ASP.NET Core 3中，Custom Authentication Handler可能会遇到不起作用的问题。以下是一个解决方法，其中包含代码示例。

1. 首先，确保您的Custom Authentication Handler是从AuthenticationHandler类继承的，并且重写了HandleChallengeAsync和HandleAuthenticateAsync方法。

public class CustomAuthenticationHandler : AuthenticationHandler
{
    protected override async Task HandleAuthenticateAsync()
    {
        // 实现身份验证逻辑
        // ...

        // 返回验证结果
        return AuthenticateResult.Success(ticket);
    }

    protected override async Task HandleChallengeAsync(AuthenticationProperties properties)
    {
        // 处理挑战逻辑
        // ...
    }
}

2. 在Startup.cs文件的ConfigureServices方法中，将Custom Authentication Handler添加到服务容器中。

public void ConfigureServices(IServiceCollection services)
{
    // ...

    services.AddAuthentication("CustomAuthenticationScheme")
        .AddScheme("CustomAuthenticationScheme", options => { });

    // ...
}

3. 在Startup.cs文件的Configure方法中启用身份验证中间件。

public void Configure(IApplicationBuilder app, IWebHostEnvironment env)
{
    // ...

    app.UseAuthentication();

    // ...
}

4. 确保您在使用Custom Authentication Handler时提供了正确的身份验证方案名称。例如，如果您在控制器的Authorize属性中使用了[Authorize(AuthenticationSchemes = "CustomAuthenticationScheme")]，则确保CustomAuthenticationScheme与AddAuthentication方法中提供的身份验证方案名称相匹配。

[Authorize(AuthenticationSchemes = "CustomAuthenticationScheme")]
public class MyController : Controller
{
    // ...
}

通过按照上述步骤，您应该能够解决Asp.Net Core 3中Custom Authentication Handler不起作用的问题。请确保按照您的具体需求进行修改和调整。