要在Android Studio中突出显示所有包含JNI函数的Java类，可以使用以下解决方法：

1. 打开项目中的Java类文件。

2. 在编辑器的顶部工具栏中，选择“Edit Configurations”（编辑配置）。

3. 在弹出的窗口中，选择“Defaults”标签页，并选择“JUnit”配置。

4. 在右侧的“VM options”（VM选项）文本框中添加以下参数：

   -Djava.library.path=/path/to/your/native/libraries
   

   其中，/path/to/your/native/libraries是你本地JNI库所在的路径。

5. 单击“Apply”（应用）并关闭窗口。

6. 在项目中的任何Java类文件中，你可以使用以下代码示例来调用JNI函数：

   public class YourClass {
       static {
           System.loadLibrary("your_jni_library");
       }
   
       // JNI函数声明
       private native void yourJniFunction();
   }
   

   上述代码中，your_jni_library是你的JNI库的名称。

7. 当你在编辑器中打开Java类文件时，Android Studio会自动突出显示包含JNI函数的类。

请注意，为了使Android Studio能够正确识别JNI函数，你需要在项目中包含正确的JNI库文件，并确保其路径与步骤4中提供的路径一致。