在ASP.Net Entity Framework中，多对多关系的更新可能会遇到一些问题。以下是一个可能的解决方法：

1. 确保正确设置了多对多关系的实体类之间的导航属性。

public class Student
{
    public int StudentId { get; set; }
    public string Name { get; set; }
    public ICollection Courses { get; set; }
}

public class Course
{
    public int CourseId { get; set; }
    public string Name { get; set; }
    public ICollection Students { get; set; }
}

2. 在更新多对多关系之前，加载相关实体的数据。这可以通过使用Include方法来实现。

var student = dbContext.Students.Include(s => s.Courses).FirstOrDefault(s => s.StudentId == studentId);

3. 更新多对多关系。可以添加、删除或替换关联的实体。

// 添加关联
var courseToAdd = dbContext.Courses.FirstOrDefault(c => c.CourseId == courseIdToAdd);
student.Courses.Add(courseToAdd);

// 删除关联
var courseToRemove = student.Courses.FirstOrDefault(c => c.CourseId == courseIdToRemove);
student.Courses.Remove(courseToRemove);

// 替换关联
student.Courses.Clear();
var newCourses = dbContext.Courses.Where(c => courseIds.Contains(c.CourseId)).ToList();
foreach(var newCourse in newCourses)
{
    student.Courses.Add(newCourse);
}

4. 最后，保存更改到数据库中。

dbContext.SaveChanges();

通过以上步骤，您应该能够成功更新多对多关系。请确保在更新之前验证传递给数据库上下文的实体对象的完整性和准确性。