要实现在Asp.Net Framework 4.6 MVC和托管在.Net Core WebApi上的SignalR进行通信，可以按照以下步骤操作：

1. 创建一个新的Asp.Net Framework 4.6 MVC项目和一个新的.Net Core WebApi项目。

2. 在Asp.Net Framework 4.6 MVC项目中，安装Microsoft.AspNet.SignalR包。可以使用NuGet包管理器控制台运行以下命令：

Install-Package Microsoft.AspNet.SignalR

3. 在Asp.Net Framework 4.6 MVC项目的Startup类中，配置SignalR：

using Microsoft.AspNet.SignalR;
using Owin;

public class Startup
{
    public void Configuration(IAppBuilder app)
    {
        // 启用SignalR路由
        app.MapSignalR();
    }
}

4. 在Asp.Net Framework 4.6 MVC项目中，创建一个Hub类，用于处理SignalR通信：

using Microsoft.AspNet.SignalR;

public class MyHub : Hub
{
    public void SendMessage(string message)
    {
        // 处理接收到的消息
        Clients.All.ReceiveMessage(message);
    }
}

5. 在.Net Core WebApi项目中，安装Microsoft.AspNetCore.SignalR包。可以使用NuGet包管理器控制台运行以下命令：

Install-Package Microsoft.AspNetCore.SignalR

6. 在.Net Core WebApi项目的Startup类中，配置SignalR：

using Microsoft.AspNetCore.Builder;
using Microsoft.Extensions.DependencyInjection;

public class Startup
{
    public void ConfigureServices(IServiceCollection services)
    {
        services.AddSignalR();
    }

    public void Configure(IApplicationBuilder app)
    {
        app.UseRouting();

        // 启用SignalR
        app.UseEndpoints(endpoints =>
        {
            endpoints.MapHub("/myhub");
        });
    }
}

7. 在.Net Core WebApi项目中，创建一个Hub类，用于处理SignalR通信：

using Microsoft.AspNetCore.SignalR;

public class MyHub : Hub
{
    public Task SendMessage(string message)
    {
        // 处理接收到的消息
        return Clients.All.SendAsync("ReceiveMessage", message);
    }
}

8. 在Asp.Net Framework 4.6 MVC项目中，通过SignalR连接到.Net Core WebApi上的SignalR：

通过以上步骤，可以实现在Asp.Net Framework 4.6 MVC和托管在.Net Core WebApi上的SignalR进行通信。