在ASP.NET MVC 3中，Windows身份验证可能无效的原因有很多。以下是一些常见的解决方法和代码示例：

1. 确保Web.config文件中的身份验证模式设置为Windows：

2. 确保IIS设置正确。在IIS管理器中，选择你的应用程序池，然后右键单击“高级设置”，将“启用32位应用程序”设置为“True”。

3. 确保你的应用程序的身份验证授权设置为启用Windows身份验证。在Global.asax文件中的Application_Start方法中添加以下代码：

protected void Application_Start()
{
    AreaRegistration.RegisterAllAreas();
    WebApiConfig.Register(GlobalConfiguration.Configuration);
    FilterConfig.RegisterGlobalFilters(GlobalFilters.Filters);
    RouteConfig.RegisterRoutes(RouteTable.Routes);

    // 启用Windows身份验证
    GlobalFilters.Filters.Add(new AuthorizeAttribute());
}

4. 确保你的控制器或操作方法上没有使用[AllowAnonymous]特性，否则它将覆盖Windows身份验证。

5. 确保你的操作方法或视图没有包含[Authorize]特性，因为它将要求用户进行身份验证。

6. 确保你的浏览器可以自动进行Windows身份验证。在Internet选项中的安全选项卡下，将局域网区域的安全级别设置为“自定义级别”，然后将“启用集成Windows验证”设置为“自动”。

如果你仍然遇到问题，可以尝试在Global.asax文件中的Application_AuthenticateRequest方法中手动进行身份验证：

protected void Application_AuthenticateRequest(Object sender, EventArgs e)
{
    // 手动进行Windows身份验证
    if (Request.IsAuthenticated || !Request.LogonUserIdentity.IsAuthenticated)
    {
        return;
    }

    string username = Request.LogonUserIdentity.Name;
    string[] roles = new string[] { "Role1", "Role2" };

    HttpContext.Current.User = new GenericPrincipal(new GenericIdentity(username), roles);
}

请注意，这将创建一个通用的主体并将其分配给当前的HTTP上下文。你需要根据你的具体需求进行适当的调整。

希望这些解决方法能够帮助你解决ASP.NET MVC 3中的Windows身份验证无效的问题。