在ASP.NET web应用中，可以使用以下方法来解决“.JS文件缓存问题”：

1. 添加版本号：为了确保每次更新后的JS文件能够被浏览器正确加载，可以在JS文件的URL后面添加一个版本号参数。例如：

每次更新后，将版本号递增即可。

2. 文件名哈希化：通过为JS文件名添加一个哈希值，可以确保浏览器能够正确识别文件的更新。例如：

每次更新后，生成一个新的哈希值，并将其添加到文件名中。

3. 设置HTTP响应头：在服务器端设置JS文件的HTTP响应头，告诉浏览器不要缓存该文件。可以在Global.asax文件中的Application_BeginRequest方法中添加以下代码：

protected void Application_BeginRequest(object sender, EventArgs e)
{
    HttpContext.Current.Response.Cache.SetCacheability(HttpCacheability.NoCache);
    HttpContext.Current.Response.Cache.SetNoStore();
}

这样，每次请求JS文件时，服务器都会告诉浏览器不要缓存该文件。

4. 强制刷新：可以通过在JS文件的URL后面添加一个随机参数来强制浏览器刷新缓存。例如：

每次页面加载时，随机生成一个新的参数，这样浏览器就会认为是一个新的URL，从而重新加载JS文件。

通过以上方法，可以有效解决ASP.NET web应用中的“.JS文件缓存问题”，确保浏览器能够正确加载最新的JS文件。