在Android Studio中，如果你发现JNI函数自动生成在奇怪的文件中，你可以采取以下步骤解决该问题：

1. 确认函数自动生成的文件路径：查看生成的JNI函数所在的文件路径。这通常是由于不正确的配置或错误的文件位置导致的。

2. 检查CMakeLists.txt文件：确认你的CMakeLists.txt文件是否正确配置。在该文件中，你需要指定源文件和JNI函数的生成目标。

3. 检查gradle配置：在你的项目的build.gradle文件中，检查是否正确配置了NDK和CMake版本。确保使用的版本与你的项目要求匹配。

4. 清理和重新构建项目：尝试清理并重新构建项目，这有时可以解决由于编译和缓存问题导致的自动生成JNI函数的错误。

5. 手动创建JNI函数文件：如果自动生成的JNI函数仍然在奇怪的文件中，你可以手动创建一个正确的JNI函数文件，并将函数移动到正确的位置。然后在CMakeLists.txt文件中引用该文件。

以下是一个示例，展示如何手动创建JNI函数文件：

在你的项目的jni文件夹中创建一个名为"native-lib.cpp"（注意文件扩展名是.cpp）的文件，并将生成的JNI函数移动到该文件中。

#include 

extern "C" {
    JNIEXPORT jstring JNICALL
    Java_com_example_myapplication_MainActivity_stringFromJNI(JNIEnv* env, jobject /* this */) {
        std::string hello = "Hello from JNI";
        return env->NewStringUTF(hello.c_str());
    }
}

然后，在CMakeLists.txt文件中引用该文件：

add_library(native-lib SHARED native-lib.cpp)

通过以上步骤，你应该能够解决Android Studio在奇怪的文件中自动生成JNI函数的问题。如果问题仍然存在，你可能需要进一步检查你的项目配置和文件结构。