是的，可以在同一应用程序中同时使用Windows身份验证和JWT。以下是如何实现的简要步骤：

1. 在Web.config中启用Windows身份验证

2. 为需要使用JWT的控制器添加Authorize特性

[Authorize(AuthenticationSchemes = JwtBearerDefaults.AuthenticationScheme)]
public class ProtectedController : ControllerBase
{
    // Your protected controller methods
}

3. 在Startup.cs中配置JWT身份验证

services.AddAuthentication(options =>
{
    options.DefaultAuthenticateScheme = JwtBearerDefaults.AuthenticationScheme;
    options.DefaultChallengeScheme = JwtBearerDefaults.AuthenticationScheme;
})
.AddJwtBearer(options =>
{
    options.TokenValidationParameters = new TokenValidationParameters
    {
        ValidateIssuer = true,
        ValidIssuer = "example.com",
        ValidateAudience = true,
        ValidAudience = "example.com",
        ValidateLifetime = true,
        IssuerSigningKey = new SymmetricSecurityKey(Encoding.UTF8.GetBytes("yourSecretKey")),
        ValidateIssuerSigningKey = true,
    };
});

4. 在Startup.cs中配置授权策略

services.AddAuthorization(options =>
{
    options.DefaultPolicy = new AuthorizationPolicyBuilder()
        .RequireAuthenticatedUser()
        .Build();
});

5. 在需要进行JWT身份验证的方法中获取用户信息

var identity = HttpContext.User.Identity as ClaimsIdentity;
var username = identity.Claims.FirstOrDefault(c => c.Type == ClaimTypes.Name).Value;

这样，你就可以在同一应用程序中同时使用Windows身份验证和JWT了。