在ASP.NET中，使用xdt:Transform属性可以通过转换文件来修改web.config文件的内容。如果xdt:Transform没有正确使用或未插入新的部分，可能会导致问题。以下是一个解决方法的示例代码：

// 在代码中应用转换
Configuration config = WebConfigurationManager.OpenWebConfiguration("~");
ConfigurationTransformHandler transformHandler = new ConfigurationTransformHandler(config, Server.MapPath("~/web.Release.config"));
transformHandler.ApplyTransforms();
config.Save();

在上述示例中，我们有一个原始的web.config文件，其中包含一个appSettings部分。然后，我们有一个转换文件web.Release.config，其中包含两个操作：插入新的appSettings项和修改现有的appSettings项。最后，我们使用ConfigurationTransformHandler类将转换应用于web.config文件，并保存更改。

请注意，上述示例是一种方法，可以根据实际情况进行调整。还可以使用其他方法来应用转换，例如使用XmlTransform类或使用自定义的转换逻辑。