在使用Atom-beautify插件时，如果无法加载php-cs-fixer自定义配置，可以尝试以下解决方法：

1. 确保已经正确安装了php-cs-fixer和Atom-beautify插件。可以在终端中运行以下命令来安装php-cs-fixer：

   composer global require friendsofphp/php-cs-fixer
   

   并在Atom中安装Atom-beautify插件。

2. 确认php-cs-fixer的自定义配置文件已经正确配置。在项目的根目录下创建一个名为.php_cs或.php_cs.dist的文件，并在文件中定义自定义配置。例如：

   in(__DIR__)
       ->exclude('vendor')
       ->name('*.php')
       ->notName('*.blade.php')
       ->notName('*.tpl.php');
   
   return PhpCsFixer\Config::create()
       ->setRules([
           '@PSR2' => true,
           'array_syntax' => ['syntax' => 'short'],
           'trailing_comma_in_multiline_array' => false,
       ])
       ->setFinder($finder);
   

3. 在Atom中打开项目文件夹，然后按下快捷键Ctrl + Shift + P（Windows/Linux）或Cmd + Shift + P（Mac）来打开命令面板。

4. 在命令面板中，输入Atom Beautify: Beautify Editor并选择该选项来格式化当前打开的文件。

5. 如果仍然无法加载自定义配置，可以尝试在Atom的设置中进行配置。打开Atom的设置，找到Atom-beautify插件的设置项，并检查是否正确配置了php-cs-fixer的路径和自定义配置文件的路径。

通过以上步骤，应该能够解决Atom-beautify无法加载php-cs-fixer自定义配置的问题，并成功格式化PHP代码。