如果Atom的Git集成不起作用，合并冲突标记没有突出显示，可以尝试以下解决方法：

1. 确保已经安装了Git插件。在Atom中，点击"File" -> "Settings"打开设置面板，选择"Install"选项卡，搜索并安装"git-diff"插件。

2. 确保已经正确配置了Git。在终端中运行以下命令来检查Git配置：

git config --global user.name
git config --global user.email

如果未显示任何输出，说明Git配置有误。使用以下命令分别设置用户名和电子邮件：

git config --global user.name "Your Name"
git config --global user.email "youremail@example.com"

3. 确保正确使用Git命令来进行合并操作。在终端中进入项目目录，使用以下命令来合并分支：

git merge 

4. 确保使用了合适的合并工具。在Atom中，点击"File" -> "Settings"打开设置面板，选择"Core"选项卡，确保"Merge Conflict Style"设置为"editor"。

5. 确保合并冲突标记的语法正确。合并冲突标记应该使用以下格式：

<<<<<<< HEAD
代码段A
=======
代码段B
>>>>>>> branch-name

确保在代码段A和代码段B之间有明确的分隔符"======"并且标记符号"<<"、">>"和"==="都正确使用。

如果以上解决方法都没有解决问题，可以尝试重新安装Atom或者尝试使用其他文本编辑器进行Git操作。