Atom 并没有提供直接恢复已删除文件的功能，但是我们可以尝试通过 Git 插件或者 Atom 自带的 Time Machine 插件（需要手动启用）实现文件版本控制和恢复。

使用 Git 插件：

1. 在本地创建一个 Git 仓库，将项目文件夹添加到仓库中。
2. 编辑、保存和提交文件的更改。
3. 如果出现误删除操作，可以使用以下命令来恢复到之前的版本：

git log # 查看提交历史记录，找到目标版本的 SHA 值
git checkout [SHA值] [文件路径] # 恢复至目标版本的文件

使用 Time Machine 插件：

1. 打开 Atom 编辑器，依次点击菜单栏中的 View -> Toggle Command Palette。
2. 输入“Time Machine: Toggle”，回车启用 Time Machine 插件。
3. 在左侧的 History 栏中找到删除文件名对应的版本，点击恢复即可。

注意：使用 Time Machine 插件时需要手动启用并开启自动保存功能，否则无法记录历史版本。

代码示例：

使用 Git 恢复至之前的版本：

git log # 查看提交历史记录，找到目标版本的 SHA 值
git checkout [SHA值] [文件路径] # 恢复至目标版本的文件

使用 Time Machine 插件恢复至之前的版本：

1. 在 Atom 编辑器中启用 Time Machine 插件。
2. 在左侧的 History 栏中找到删除文件名对应的版本。
3. 点击版本旁边的“restore”按钮，恢复至该版本。