在Android JNI中遇到"运行时中止...art::Thread::Init IndirectReferenceTable"错误时，可以尝试以下解决方法：

1. 检查JNI代码：检查JNI代码中是否有错误或潜在的内存泄漏问题。确保在使用完Java对象后及时释放引用。

2. 检查JNI库：确保JNI库与目标Android设备的架构匹配。如果使用了错误的JNI库，可能会导致崩溃。

3. 检查JNI调用：检查JNI调用是否正确。确保正确地传递参数并处理返回值。如果JNI调用不正确，可能会导致崩溃。

4. 使用异常处理：在JNI代码中使用异常处理来捕获和处理异常。如果未正确处理异常，可能会导致崩溃。

下面是一个示例代码，展示了如何在JNI代码中使用异常处理来捕获和处理异常：

JNIEXPORT jstring JNICALL Java_com_example_MyClass_myMethod(JNIEnv *env, jobject obj) {
    jstring result = NULL;
    jthrowable exception = NULL;

    // 调用Java方法
    jmethodID method = (*env)->GetMethodID(env, obj, "myJavaMethod", "()Ljava/lang/String;");
    if (method != NULL) {
        result = (*env)->CallObjectMethod(env, obj, method);
        exception = (*env)->ExceptionOccurred(env);
        if (exception != NULL) {
            (*env)->ExceptionClear(env);
            // 处理异常
        }
    }

    return result;
}

在上面的示例中，我们使用(*env)->ExceptionOccurred(env)来检查是否发生了异常，如果有异常，则使用(*env)->ExceptionClear(env)清除异常。然后可以在此处添加适当的异常处理代码。

希望这些解决方法可以帮助您解决"运行时中止...art::Thread::Init IndirectReferenceTable"错误。