下面是一个示例代码，演示了如何将Android中的JSON变量存储到带有键的多维数组中：

import org.json.JSONArray;
import org.json.JSONException;
import org.json.JSONObject;

public class Main {
    public static void main(String[] args) {
        String jsonString = "{ \"key1\": { \"subkey1\": \"value1\", \"subkey2\": \"value2\" }, \"key2\": { \"subkey3\": \"value3\", \"subkey4\": \"value4\" } }";

        try {
            JSONObject jsonObject = new JSONObject(jsonString);
            String[] keys = JSONObject.getNames(jsonObject);

            // 创建一个带有键的多维数组
            String[][] multiArray = new String[keys.length][];

            for (int i = 0; i < keys.length; i++) {
                JSONObject innerObject = jsonObject.getJSONObject(keys[i]);
                String[] innerKeys = JSONObject.getNames(innerObject);

                // 创建一个内部数组
                String[] innerArray = new String[innerKeys.length];

                for (int j = 0; j < innerKeys.length; j++) {
                    innerArray[j] = innerObject.getString(innerKeys[j]);
                }

                // 将内部数组存储到多维数组中
                multiArray[i] = innerArray;
            }

            // 打印多维数组中的值
            for (int i = 0; i < multiArray.length; i++) {
                System.out.println("Key: " + keys[i]);

                for (int j = 0; j < multiArray[i].length; j++) {
                    System.out.println(keys[i] + "[" + j + "]: " + multiArray[i][j]);
                }
            }
        } catch (JSONException e) {
            e.printStackTrace();
        }
    }
}

这段代码将JSON字符串解析为JSONObject，然后使用getNames()方法获取所有的键。然后，循环遍历每个键，从JSONObject中获取对应的内部JSONObject，并使用getNames()方法获取内部JSONObject中的所有键。接下来，创建一个内部数组，并将内部JSONObject中的值存储到内部数组中。最后，将内部数组存储到带有键的多维数组中。最后，使用嵌套的循环遍历多维数组，并打印出多维数组中的值。

请注意，此示例代码假定JSON字符串的结构与示例中的结构相同，如果JSON字符串的结构不同，可能需要进行相应的调整。