使用Autofac的RegisterAssemblyTypes方法可以将程序集中的类型注册到容器中。如果多次调用RegisterAssemblyTypes方法，可能会出现类型被覆盖的问题。

解决方法之一是使用PreserveExistingDefaults方法来保留已经注册的类型。示例如下：

var builder = new ContainerBuilder();

// 第一次注册
builder.RegisterAssemblyTypes(assembly1)
       .AsImplementedInterfaces();

// 第二次注册，保留已经注册的类型
builder.RegisterAssemblyTypes(assembly2)
       .AsImplementedInterfaces()
       .PreserveExistingDefaults();

var container = builder.Build();

在第一次注册时，将所有类型注册到容器中。在第二次注册时，使用PreserveExistingDefaults方法来保留已经注册的类型，同时注册新的类型。这样就可以避免类型被覆盖的问题。

另外，还可以使用其他方法来进行类型的注册，如RegisterAssemblyTypes、RegisterAssemblyTypes以及RegisterAssemblyTypes等。根据具体的需求选择合适的方法来注册类型。