解决这个问题的方法是在Makefile.am文件中添加以下代码：

AM_LDFLAGS = -L/path/to/cuda/lib64 -lcudart
AM_CPPFLAGS = -I/path/to/cuda/include

这样就可以将CUDA包括文件和库文件路径添加到自动生成的Makefile中。同时，如果需要添加其他的包括文件路径，可以使用-I选项。

如果需要在编译CUDA程序时使用nvcc，还需要在Makefile.am中添加以下代码：

CUDA_SOURCES = foo.cu bar.cu
CUDA_OBJECTS = $(CUDA_SOURCES:.cu=.o)
CUDA_LDFLAGS = -L/path/to/cuda/lib64 -lcudart
CUDA_CFLAGS = -I/path/to/cuda/include

nodist_nvidia_PROGRAMS = my_cuda_program
my_cuda_program_SOURCES = $(CUDA_SOURCES)
my_cuda_program_LDADD = $(CUDA_OBJECTS) $(CUDA_LDFLAGS)
my_cuda_program_CFLAGS = $(CUDA_CFLAGS)

这样就可以使用nvcc编译CUDA程序，并将CUDA包括文件和库文件路径添加到编译选项中。同时，如果需要添加其他的编译选项，可以使用CFLAGS变量。

注意，这些代码只是示例，需要根据具体的项目和系统设置进行修改。