在使用AutoMapper和EF Core进行Join操作时，可以按照以下步骤进行解决：

Step 1: 在Startup.cs中配置AutoMapper依赖注入

using AutoMapper;
using Microsoft.Extensions.DependencyInjection;

public class Startup
{
    public void ConfigureServices(IServiceCollection services)
    {
        services.AddAutoMapper(typeof(Startup));
        // 其他配置...
    }
}

Step 2: 创建AutoMapper配置文件Profile

using AutoMapper;

public class MappingProfile : Profile
{
    public MappingProfile()
    {
        CreateMap()
            .ForMember(dest => dest.PropertyName, opt => opt.MapFrom(src => src.SourceProperty));
    }
}

Step 3: 在Controller中使用AutoMapper进行Join操作

using AutoMapper;
using Microsoft.AspNetCore.Mvc;
using Microsoft.EntityFrameworkCore;
using System.Collections.Generic;
using System.Linq;

public class MyController : ControllerBase
{
    private readonly ApplicationDbContext _context;
    private readonly IMapper _mapper;

    public MyController(ApplicationDbContext context, IMapper mapper)
    {
        _context = context;
        _mapper = mapper;
    }

    public IActionResult Get()
    {
        var result = _context.SourceEntities
            .Join(_context.OtherEntities,
                s => s.Id,
                o => o.SourceEntityId,
                (s, o) => new { Source = s, Other = o })
            .Select(x => _mapper.Map(x.Source))
            .ToList();

        return Ok(result);
    }
}

上述代码示例中，假设存在SourceEntity和OtherEntity两个实体类，它们通过Id和SourceEntityId进行Join操作。AutoMapper的配置文件MappingProfile定义了SourceEntity到DestinationDto的映射关系。在Controller中，通过使用AutoMapper的_mapper实例，将Join操作的结果映射为DestinationDto对象，并返回结果。

请注意，以上代码只是一个简单的示例，实际情况可能更加复杂。你需要根据你的实际需求进行相应的修改和调整。