在 AWS Aurora 中，如果复制实例发生故障，可以使用以下步骤进行处理：

1. 给主实例创建一个新复制实例：

aws rds create-db-instance-read-replica \
    --db-instance-identifier  \
    --db-instance-class  \
    --availability-zone  \
    --dba-username  \
    --no-publicly-accessible \
    --auto-minor-version-upgrade \
    --tags Key=,Value=

2. 将新的复制实例添加到集群中：

aws rds add-role-to-db-cluster \
    --db-cluster-identifier  \
    --role-arn  \
    --feature-name 

3. 使用新的复制实例替代故障的复制实例：

aws rds failover-db-cluster \
    --db-cluster-identifier  \
    --target-db-instance-identifier 

这将使新的复制实例成为新的主实例，而原来的主实例将变成新的复制实例。

需要注意的是，AWS Aurora 有自己的自动故障转移机制，可以在主实例发生故障时自动进行处理，无需手动介入。但是，上述方法可以作为一种手动故障转移的备选方案。