1. 确保部署时使用的版本文件与实际的文件相匹配。

2. 在CodeDeploy部署操作中指定正确的Revision。例如，对于使用AWS CLI进行部署的情况，可以使用以下命令来指定Revision：

aws deploy create-deployment --application-name MyApp --deployment-group-name MyDeploymentGroup --revision revisionType=S3,s3Location={bucket="MyBucket",key="MyApp.zip",bundleType="zip"}

在这里，s3Location应该是要部署的真正文件的位置。

3. 在使用AWS CodePipeline进行部署的情况下，确保每个部署阶段都正确地配置了输入和输出。这样，在每个阶段中，只有正确的版本文件才会被传递给下一个阶段。

stages:
  - name: Source
    ...
  - name: Build
    ...
  - name: Deploy
    actions:
      - name: DeployToS3
        ...
        outputArtifacts:
          - name: MyAppArtifact
      - name: DeployToEC2
        ...
        inputArtifacts:
          - name: MyAppArtifact

在这里，“DeployToS3”阶段的输出必须是正确的版本文件，以便“DeployToEC2”阶段可以使用它进行部署。

通过这些方法，可以避免AWS CodeDeploy部署使用错误的版本文件的问题。