首先确保您的脚本是正确的，并且已经与实例关联。然后，可以采用以下步骤进行排除故障：

1. 登录EC2实例并检查/var/log/cloud-init-output.log文件，查看是否有任何错误信息。

2. 检查您的脚本是否需要root权限才能执行。如果是，请确保在启动实例时使用了sudo命令来运行脚本。

3. 确保您的脚本是否具有可执行权限。可以使用chmod命令来添加相应的权限。

4. 确保存在正确的安装程序和依赖项。如果您的脚本需要与其他应用程序交互，请检查它们是否已正确安装。

下面是一个简单的例子，说明如何在EC2实例启动时使用用户数据脚本：

#!/bin/bash
sudo yum update -y
sudo yum install httpd -y
sudo systemctl start httpd
sudo systemctl enable httpd
echo "Hello World!" > /var/www/html/index.html

此脚本将自动更新yum软件包，安装并启动Apache Web服务器，创建一个网页，将其指定为默认主页。请注意，此脚本需要使用sudo权限才能正常运行。

当您启动实例时，请将此脚本作为用户数据选择。在实例启动时，它将自动运行并配置EC2实例。如果此脚本仍无法正常运行，请按照以上步骤检查相关问题。