为了解决这个问题，我们可以使用Elastic Beanstalk的configuration files，将配置保存在版本控制系统Git之类的地方。我们可以在每次部署时使用这些文件自动进行配置，以确保配置不会随时间而失效。

以下是一个例子：假设我们想要在部署期间设置某些环境变量（例如API Keys），我们可以创建一个名为.env.config的文件，内容如下：

option_settings:
  - option_name: MY_API_KEY
    value: "123456"

然后，在我们的Elastic Beanstalk应用程序中的.ebextentions文件夹中创建一个配置文件，以确保每次部署时该环境变量都会自动设置。我们可以创建一个名为01_env.config的文件，内容如下：

container_commands:
  01_env:
    command: "echo MY_API_KEY=$MY_API_KEY >> /opt/python/current/env"

这个文件的作用是在应用程序启动时为我们的新环境变量创建一个bash脚本，该脚本将添加到应用程序环境变量中。

最后，我们需要将这些文件添加到我们的版本控制系统中，并在每次部署时部署这些文件。要执行此操作，请使用以下命令将它们添加到您的git仓库中：

git add .ebextensions
git commit -m "Add environment variable configuration"

现在，您可以放心地部署应用程序，您的环境变量将在每次部署时正确设置，并且不会随时间而被重置。