通常，当您手动运行命令时，它可能无法在Elastic Beanstalk环境中正常工作，因为Elastic Beanstalk环境和您的本地环境有所不同。您可以尝试进行以下调试和故障排除步骤：

1. 确认您在部署过程中使用的是正确的命令。在Elastic Beanstalk环境中，您可以通过SSH连接到实例并手动运行命令来测试它们。

2. 确认您在部署过程中使用的命令语法正确。有时，因为语法错误或缺失某些必需的参数，命令可能会失败。

3. 防止命令或脚本在后台执行并退出。在使用ebextensions命令或脚本时，您需要确保它们在前台执行并持续运行，否则可能会在不知不觉中退出并导致失败。

以下是一个示例配置文件，其中包含一些ebextensions命令以安装软件包并设置系统环境变量。 在这种情况下，将versicode软件包安装到Python虚拟环境中：

container_commands:
  01_install_package:
    command: "source /var/app/venv/*/activate && pip install versicode"
    leader_only: true
option_settings:
  AWS_SECRET_ACCESS_KEY: MY_SECRET_KEY
  AWS_ACCESS_KEY_ID: MY_ACCESS_KEY

请注意，command命令应以双引号括起来，以确保它们在Shell中正确解释。在这种情况下，我们使用了通配符来指定Python虚拟环境的位置，并确保其仅在实例领导器上运行。

您可以通过查看部署日志或使用Elastic Beanstalk控制台中的'活动”选项卡来查看部署期间命令可能会导致的错误。