问题可能是由于log4j日志记录器未正确配置所导致的。可以在spark-submit命令中指定log4j.properties文件的位置来修复日志记录问题。

示例代码：

1. 首先，创建一个log4j.properties文件，定义需要记录的日志级别和输出格式：

log4j.rootLogger=INFO, Console
log4j.logger.org.apache.spark=INFO

log4j.appender.Console=org.apache.log4j.ConsoleAppender
log4j.appender.Console.layout=org.apache.log4j.PatternLayout
log4j.appender.Console.layout.ConversionPattern=%d{yy/MM/dd HH:mm:ss} %p %c{1}: %m%n

2. 在spark-submit命令中指定log4j.properties文件的位置：

spark-submit \
    --class com.example.MySparkApp \
    --master yarn \
    --deploy-mode cluster \
    --conf spark.executor.instances=4 \
    --conf "spark.driver.extraJavaOptions=-Dlog4j.configuration=file:/path/to/log4j.properties" \
    --conf "spark.executor.extraJavaOptions=-Dlog4j.configuration=file:/path/to/log4j.properties" \
    my-spark-app.jar

在以上代码示例中，使用了--conf选项指定了log4j.properties文件的位置。注意需要将/file/to/log4j.properties替换为实际的文件路径。

通过以上步骤，即可修复AWS EMR中使用spark-submit在yarn集群模式下的日志记录问题。